Certificarea partenerilor participanți de către instituțiile de certificare externe (aprobate de Organizația Donau Soja) începe de la colectorul agricol primar, inclusiv fermierii furnizori și se termină cu distribuitorul producției.

Toți operatorii descendenți ai fermierului de boabe de soia (de exemplu, colectori agricoli, comercianți, procesatori primari, producători de furaje combinate, crescători de animale, procesatori de alimente sau comercianți) care participă la programul Donau Soja și Europe Soya trebuie să semneze un contract de inspecție cu o instituție de certificare recunoscută  de către Organizația Donau Soja, în vederea obținerii certificării.

În dependență de nivelul de risc, certificarea nu este întotdeauna necesară pentru fermierii de soia. Cu toate acestea, prin semnarea Declarației de auto-angajament pentru fermieri și participarea la certificare de grup cu colectorul lor agricol primar, este asigurată conformitatea cu condițiile Donau Soja și Europe Soya.